Com a subscrição da população local, o Barão de Madalena (José Joaquim da Silva Freire) ordenou a construção da igreja, mandando vir da Província do Rio de Janeiro, o Dr. Gama Bentes para traçá-la. Abriu a lista para a edificação com 5 contos de réis. O mestre de construções chamava-se José Vilinha, especializado em cantaria e comandava um grupo de escravos, que a construiu toda em pedras retiradas do Morro da Estação.

Com a altura de 52 metros, seu galo no alto da torre mede 2,30 metros de braços e o galo tem um metro, além do pára-raios, estando as peças assentadas sobre uma pedra lapidada, a exemplo das demais da obra.

Sua primeira missa foi no dia 22 de julho de 1892, rezada pelo então Padre Olímpio de Castro.

Em 1968, a comunidade se reuniu para reformá-la. Nesta época vieram para Santa Maria Madalena os irmãos Cândido e Baliseu Estrela que se propuseram a ajudar na reforma. A Igreja Matriz foi toda revestida em massa e o teto que era todo em madeira passou a ser de alvenaria, porém seu estilo não foi modificado. A torre que apresentava problemas de infiltração foi revestida com material aluminizado. No interior foram retirados os alteres laterais e um Cristo estilizado foi colocado no altar-mor. Na fachada destaca-se a volumetria da torre encimada de granito. Logo acima da porta principal, um relógio que foi feito por encomenda dos irmãos Estrela em São Paulo.